Uudella ympäristö-DNA, eli lyhemmin eDNA-menetelmällä voimme selvittää esimerkiksi kalaston rakennetta ja erilaisten kohdelajien, kuten uhanalaisten- tai vieraslajien esiintymistä vesistöissä. Lajien perimäaineksen esiintymistä ja runsautta tutkitaan vesinäytteistä, jolloin selvityksiä voidaan tehdä pinnanalaista elämää häiritsemättä. Vesinäytteenottoon pohjautuvat selvitykset tuovat myös ajallista joustavuutta selvitysten tekoon.
Esimerkkiprojekti
Jakomäen Sydänlammen aurinkoahvenpyynti ja eDNA-selvitys
Helsingin kaupunki tilasi Kala- ja vesitutkimus Oy:ltä aurinkoahvenen (Lepomis gipposus) esiintymistä selvittävän tutkimuksen Jakomäellä sijaitsevaan Sydänlampeen. Aurinkoahven on säädetty haitalliseksi vieraslajiksi koko EU:n alueella. Haitallisia vieraslajeja ei saa päästää ympäristöön eikä tuoda EU:n alueelle, pitää hallussa, kasvattaa, kuljettaa, saattaa markkinoille, välittää taikka myydä tai muuten luovuttaa. Lain mukaan kiinteistön omistajan tai haltijan on huolehdittava kohtuullisista toimenpiteistä kiinteistöllä esiintyvän vieraslajien hävittämiseksi tai sen leviämisen rajoittamiseksi. Aurinkoahven on kuitenkin levinnyt useisiin vesistöihin Etelä-Suomessa mitä luultavammin ihmistoiminnan suorana seurauksena.
Lammella tehtiin intensiivistä katiskapyyntiä marraskuun 2024 aikana. Pyydyksinä käytettiin useita erityyppisiä katiskoja, jotta pystyttiin varmistumaan kaikkien eri kokoluokan yksilöiden jäämisestä pyydyksiin. Pyynneissä ei saatu saaliiksi aurinkoahvenia. Lammesta otettiin lisäksi kokoomavesinäyte viidestä kohtaa ja suodatettiin kaksi rinnakkaisnäytettä huokoskooltaan 50 mikronin filttereille erityisesti tähän tarkoitukseen kehitetyllä kaupallisella eDNA-pumpulla. Näytteet toimitettiin yhteistyökumppanimme SpringDNA:n kautta analysoitavaksi qPCR-menetelmällä. Näytteistä ei löytynyt aurinkoahvenen DNA:ta, mikä tuki katiskapyynnin tulosta.
Analysoinnissa käytetyllä qPCR-menetelmällä voidaan etsiä tiettyjen kohdelajien DNA-sekvenssejä näytteestä monistetuista geenipätkistä ja saada myös suhteellinen arvio niiden runsauksista näytteissä. Menetelmän etuna on epäinvasiivisuus, eli se ei edellytä pyyntiä tai kohdelajin häiritsemistä muullakaan tavalla. Näytteenotto on myös vähemmän riippuvaista sopivasta ajankohdasta. Sydänlammen tapauksessa katiskapyynti tapahtui talven kynnyksellä, jolloin kalojen aktiivisuus laskee veden viiletessä ja pyynnin tehokkuus laskee. Tästä syystä eDNA selvitys täydensi tehokkaasti katiskapyyntiä kyseisenä ajankohtana.
